Система управління Надвірнянського ліцею "Престиж" відповідає ст. 24 Закону України «Про освіту» № 2145-VIII від 05.09.2017 та Статуту закладу.
Управління ліцею в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1) засновник – Засновником Закладу та власником його майна є територіальна громада міста Надвірна в особі Надвірнянської міської ради (далі – Власник).
Заклад підконтрольний Власнику, підпорядкований та підзвітний уповноваженим органом управлінню освіти Надвірнянської міської ради (безпосередньо) у межах наданих повноважень.
Власник або уповноважений ним орган здійснює фінансування Закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів.
2) керівник закладу освіти – директор Надвірнянського ліцею "Престиж " – Бакай Олександр Петрович;
3) постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти.
4) колегіальний орган громадського самоврядування – Рада ліцею;
Вищим органом громадського самоврядування Закладу освіти є загальні збори колективу, що скликаються не менше одного разу на рік. У період між загальними зборами діє рада Закладу.
5) органи самоврядування здобувачів освіти – учнівське самоврядування;
6) інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти.